Αμέσως μετά το θάνατο του Κένεντι εικασίες ότι δολοφονήθηκε από μια « σιωνιστική συνωμοσία » ήταν αρκετά διαδεδομένες σε ένα μεγάλο μέρος του μουσουλμανικού κόσμου . 3 ήταν οι κύριες αιτιολογήσεις αυτών των απόψεων
1. ότι οι Σιωνιστές είχαν κίνητρο να σκοτώσουν τον Kennedy λόγω της αντίθεσης του με ένα ισραηλινό πυρηνικό πρόγραμμα
2. ο αντιπρόεδρος των ΗΠΑ τότε Lyndon B. Johnson έλαβε παραγγελία από τους Σιωνιστές να σκοτώσει τον Κένεντι
3. ότι ο δολοφόνος ήταν σιωνιστής πράκτορας.
Σύμφωνα με τον Michael Collins Piper στο έργο του “Final Judgment: The Missing Link in the JFK Assassination Controversy” , ο Ισραηλινός πρωθυπουργός Ντέιβιντ Μπεν Γκουριόν ενορχήστρωσε τη δολοφονία αφού έμαθε ότι η Kennedy σχεδιάζει να κρατήσει το Ισραήλ μακριά από την απόκτηση πυρηνικών όπλων. Ο Piper υποστηρίζει ότι η δολοφονία ” ήταν μια κοινή επιχείρηση που οργανώθηκε και εκτελέστηκε στα υψηλότερα επίπεδα της αμερικανικής CIA , σε συνεργασία με το οργανωμένο έγκλημα των ΗΠΑ και με την άμεση και βαθιά εμπλοκή της ισραηλινής υπηρεσίας πληροφοριών , της Μοσάντ ». [ 393 ] Η θεωρία υποστηρίζει επίσης τη συμμετοχή του αρχιμαφιόζου της εποχής Meyer Lansky και της πανίσχυρης ισραηλινής ΜΚΟ Anti – Defamation League . Το 2004 , Ο Μορντεχάι Βανούνου δήλωσε ότι η δολοφονία ήταν η απάντηση του Ισραήλ στην « πίεση του Kennedy που ασκείτο πάνω στις κυβερνήσεις του Μπεν Γκουριόν στο Ισραήλ, για να ανοίξουν στη δημοσιότητα τις δραστηριότητες του Ισραήλ στον πυρηνικό αντιδραστήρα Dimona στην έρημο του Ισραήλ ». Σε ομιλία του ενώπιον της Γενικής Συνέλευσης των Ηνωμένων Εθνών το 2009 , ο ηγέτης της Λιβύης Μουαμάρ Καντάφι ισχυρίστηκε επίσης ότι Κένεντι σκοτώθηκε επειδή προσπάθησε να διερευνήσει την αλήθεια για τις δραστηριότητες στον πυρηνικό αντιδραστήρα του Ισραήλ στην Ντιμόνα .